MPEG2ソースのときに比べれば楽なものです. ただaviutilに突っ込むだけで後はフィルタ処理をして保存っ.
唯一気をつけるのはフィールドオーダーの違いで, MPEG2と違ってAVI１次ソースでは, 連続する偶数フィールドと奇数フィールドを合成して１枚絵にするか, 奇数フィールドと偶数フィールドを合成するかは規格上決まっていません. これはキャプチャフォーマットやCODECを固定しておけば, 毎回変わるものでは無いので, aviutilでトップオーダーかボトムオーダーのどちらかを一度正しく選んでおけば いつもそれでＯＫなはずなのですが, 分割キャプチャする人はもっと苦労してるようです…
フィールドオーダーの認識が違ってる場合は aviutilでコマ送りしてみれば露骨に人物の動きなどが 行ったり来たりむちゃくちゃなのですぐわかります.